PDBファイル（概要と開き方）

PDBファイル拡張子の付いたファイルは、DLLやEXEファイルなど、プログラムまたはモジュールに関するデバッグ情報を保持するために使用されるプログラムデータベースファイルである可能性があります。シンボルファイルと呼ばれることもあります。

このファイルは、ソースコード内のさまざまなコンポーネントとステートメントを最終的なコンパイル済み製品にマップします。デバッガーはこれを使用して、デバッグプロセスを停止する必要がある実行可能ファイル内のソースファイルと場所を見つけることができます。

一部のPDBファイルは、代わりにProtein DataBankファイル形式である場合があります。これらは、タンパク質の構造に関する座標を格納するプレーンテキストファイルです。

Other PDB files are probably created in the Palm Database or PalmDOC file format and used with the PalmOS mobile operating system;他のPDBファイルは、おそらくPalmデータベースまたはPalmDOCファイル形式で作成され、PalmOSモバイルオペレーティングシステムで使用されます。この形式の一部のファイルは、代わりに.PRCファイル拡張子を使用します。さらに別の可能な形式は、Tanida DemoBuilderです。

PDBファイルを開く方法

さまざまなプログラムが独自のPDBファイルを使用して、ある種の構造化データベース形式でデータを格納するため、各アプリケーションを使用して独自のタイプを開きます。

Geneious、Quicken、Visual Studio、およびPegasusは、PDBファイルをデータベースファイルとして使用する可能性のあるプログラムのほんの一例です。 RadareとPDBparseも機能する可能性があります。

一部のPDBファイルは、Geneiousのプログラムデバッグデータベースファイルのようにプレーンテキストとして保存され、テキストエディタで開くと完全に人間が読める形式になります。この種のPDBファイルは、Windowsの組み込みのメモ帳プログラムなど、テキストドキュメントを読み取ることができる任意のプログラムで開くことができます。 Some other PDB file viewers and editors include Notepad++ 他のいくつかのPDBファイルビューアおよびエディタには、Notepad ++およびBracketsが含まれます。

Visual Studioは、DLLまたはEXEファイルと同じフォルダーにPDBファイルが表示されることを想定しています。

Avogadroを使用すると、Windows、Linux、およびmacOSでProtein DataBankファイルであるPDBファイルを表示および編集できます。 These programs can open the file, too: これらのプログラムもファイルを開くことができます：Jmol、RasMol、QuickPDB、およびUSCFキメラ。これらはプレーンテキストなので、テキストエディタで開くこともできます。

Palm Desktopは、Palm Databaseファイル形式の場合、このファイルを開くことができるはずですが、そのプログラムが認識できるように、最初に名前を変更して.PRCファイル拡張子を付ける必要がある場合があります。キャリバーは別のオプションです。

PalmDOC PDBファイルを開くには、STDUビューアを試してください。

Tanida Demo Builderファイルは、同じ名前のプログラムで開きます。

PDBファイルを変換する方法

プログラムデータベースファイルは、少なくとも通常のファイル変換ツールでは、別のファイル形式に変換できない可能性があります。代わりに、この種のファイルを変換できるツールがあれば、それを開くことができるのは同じプログラムになります。

たとえば、Quickenからデータベースファイルを変換する必要がある場合は、そのプログラムを使用して変換してみてください。ただし、このタイプの変換は、ほとんど役に立たないだけでなく、これらのデータベースアプリケーションでもサポートされていません（つまり、この種のPDBファイルを他の形式に変換する必要はおそらくありません）。

Protein Data Bankファイルは、MeshLabを使用して他の形式に変換できます。 To do this, you might have to first convert it to WRL with PyMOL from theこれを行うには、最初にPyMOLを使用してWRLに変換する必要があります。 フィレット > 画像を保存 > VRML メニューをクリックし、WRLファイルをMeshLabにインポートして、 フィレット > メッシュを名前を付けてエクスポート 最終的にPDBファイルをSTLまたは別のファイル形式に変換するメニュー。

モデルをカラーにする必要がない場合は、USCF Chimeraを使用してファイルをSTLに直接エクスポートできます（ダウンロードリンクは上にあります）。それ以外の場合は、上記と同じ方法（MeshLabを使用）を使用して、USCF Chimeraを使用してPDBをWRLに変換してから、MeshLabを使用してWRLをSTLにエクスポートできます。

PalmDOCファイルがある場合にPDBをPDFまたはEPUBに変換するには、いくつかの方法がありますが、最も簡単なのは、おそらくZamzarのようなオンラインコンバーターを使用することです。ファイルをそのWebサイトにアップロードして、AZWXNUMX、FBXNUMX、MOBI、PML、PRC、TXT、およびその他のeBookファイル形式に変換するオプションを選択できます。

PDBファイルをFASTA形式に変換するには、MeilerLabのオンラインPDBからFASTAへのコンバーターを使用します。

PDBx / mmCIFを使用して、このファイルをオンラインでCIF（結晶学的情報形式）に変換することもできます。

それでもファイルを開くことができませんか？

上記のどのツールでも開かないファイルは、おそらく実際にはPDBファイルではありません。 What might be happening is that you're misreading the file extension;何が起こっているのかというと、ファイル拡張子を読み間違えているということです。一部のフォーマットでは、実際には無関係で同じように機能しない場合に、PDBによく似たサフィックスを使用します。

DBF、DB、ADP、PD、PDE、PDC、PDO、WPDファイルなど、同じスペルのファイル拡張子を持つ他のファイルについても同じことが言えます。

PBDは、EaseUS Todo Backupプログラムに属する別のプログラムであるため、そのソフトウェアで開いた場合にのみ役立ちます。

PDBファイルがない場合は、ファイルの拡張子を調べて、ファイルを開いたり変換したりする適切なプログラムを見つけてください。

PDBファイルの高度な読み取り

プログラムデータベースファイルの詳細については、GitHubとWintellectから読むことができます。

Protein DataBankファイルについて学ぶこともたくさんあります。 Worldwide Protein DataBankおよびRCSBPDBを参照してください。